COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-24 17:00:00 23.372417 23.372417 22.997903
2020-12-23 17:00:00 21.780931 21.780931 22.945691
2020-12-22 17:00:00 24.207503 24.207503 22.938007
2020-12-21 17:00:00 25.679059 23.108178 22.951185
2020-12-20 17:00:00 23.492083 23.492083 23.063128
2020-12-19 17:00:00 21.711577 21.711577 23.182817
2020-12-18 17:00:00 -18.615431 23.432250 23.267396

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-24 17:00:00 17.825739 17.825739 22.492873
2020-12-23 17:00:00 26.288660 26.288660 21.933314
2020-12-22 17:00:00 11.977716 30.571031 22.184808
2020-12-21 17:00:00 14.953271 50.467290 22.263027
2020-12-20 17:00:00 18.336163 18.336163 21.656552
2020-12-19 17:00:00 16.369360 16.369360 21.361920
2020-12-18 17:00:00 19.894829 19.894829 21.230545

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-24 17:00:00 20.889488 9.838275 13.843516
2020-12-23 17:00:00 14.754098 14.754098 13.902893
2020-12-22 17:00:00 11.382114 11.382114 13.316612
2020-12-21 17:00:00 10.917031 31.877729 12.950526
2020-12-20 17:00:00 17.936118 17.936118 12.322021
2020-12-19 17:00:00 20.820189 20.820189 11.691666
2020-12-18 17:00:00 -0.127023 10.027473 11.316650

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-24 17:00:00 13.125336 13.125336 11.046100
2020-12-23 17:00:00 8.682360 10.506567 10.775874
2020-12-22 17:00:00 12.102243 12.102243 10.453459
2020-12-21 17:00:00 8.136095 15.310651 10.305511
2020-12-20 17:00:00 11.630322 11.630322 10.172293
2020-12-19 17:00:00 9.709193 9.709193 9.875798
2020-12-18 17:00:00 8.354615 8.354615 9.553213

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-24 17:00:00 8.492507 8.492507 11.183689
2020-12-23 17:00:00 22.838185 22.838185 11.138944
2020-12-22 17:00:00 80.796731 80.796731 10.742395
2020-12-21 17:00:00 8.983359 8.983359 10.502644
2020-12-20 17:00:00 7.026260 7.026260 10.429159
2020-12-19 17:00:00 8.345058 8.345058 10.431321
2020-12-18 17:00:00 12.772519 12.772519 10.491842

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-24 17:00:00 29.047210 35.923567 35.630097
2020-12-23 17:00:00 23.693599 34.438615 34.961150
2020-12-22 17:00:00 26.200676 36.471251 34.728424
2020-12-21 17:00:00 43.092728 34.191334 34.943224
2020-12-20 17:00:00 37.900433 37.900433 34.928123
2020-12-19 17:00:00 34.088076 34.088076 34.535828
2020-12-18 17:00:00 37.430287 37.430287 33.897081

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-24 17:00:00 32.259317 32.259317 32.729901
2020-12-23 17:00:00 33.311646 33.311646 32.912760
2020-12-22 17:00:00 28.940432 28.940432 33.330726
2020-12-21 17:00:00 29.683698 86.009732 32.869362
2020-12-20 17:00:00 35.224839 35.224839 32.739430
2020-12-19 17:00:00 20.020555 20.020555 33.188255
2020-12-18 17:00:00 inf NaN 33.500955

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-24 17:00:00 23.283262 23.283262 20.405883
2020-12-23 17:00:00 16.004060 16.004060 19.983371
2020-12-22 17:00:00 24.622443 24.622443 19.741117
2020-12-21 17:00:00 24.486893 24.486893 19.505406
2020-12-20 17:00:00 20.216667 20.216667 19.076178
2020-12-19 17:00:00 18.628617 18.628617 18.622355
2020-12-18 17:00:00 20.269695 20.269695 18.287129

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-24 17:00:00 29.927007 29.927007 24.140034
2020-12-23 17:00:00 23.170732 23.170732 24.275267
2020-12-22 17:00:00 17.632653 17.632653 24.212108
2020-12-21 17:00:00 36.721992 16.003617 24.132197
2020-12-20 17:00:00 29.687500 29.687500 24.741438
2020-12-19 17:00:00 23.221937 23.221937 24.798849
2020-12-18 17:00:00 25.109361 25.109361 25.111717

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-24 17:00:00 24.291202 24.291202 20.283067
2020-12-23 17:00:00 21.041830 21.041830 20.663920
2020-12-22 17:00:00 20.243491 20.243491 20.979122
2020-12-21 17:00:00 21.566402 9.284597 21.183849
2020-12-20 17:00:00 21.749667 21.749667 21.610685
2020-12-19 17:00:00 20.426605 20.426605 22.184016
2020-12-18 17:00:00 22.502870 22.502870 22.860029

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-24 17:00:00 11.382337 11.382337 10.533649
2020-12-23 17:00:00 12.474950 9.544088 10.688137
2020-12-22 17:00:00 13.161711 13.161711 10.804399
2020-12-21 17:00:00 18.222722 4.940531 11.060787
2020-12-20 17:00:00 11.832061 11.832061 11.487044
2020-12-19 17:00:00 10.664740 10.664740 11.891599
2020-12-18 17:00:00 11.285545 11.285545 12.369816

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-24 17:00:00 10.351035 15.151515 8.424099
2020-12-23 17:00:00 3.840683 3.840683 8.151045
2020-12-22 17:00:00 5.069124 1.513067 8.039917
2020-12-21 17:00:00 16.144975 16.144975 7.822700
2020-12-20 17:00:00 8.083442 8.083442 7.475342
2020-12-19 17:00:00 6.524634 6.524634 7.326458
2020-12-18 17:00:00 8.680143 8.680143 7.183815

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-24 17:00:00 25.539568 25.539568 30.734011
2020-12-23 17:00:00 24.349442 24.349442 32.919210
2020-12-22 17:00:00 27.419355 27.419355 33.930156
2020-12-21 17:00:00 33.858268 9.534368 36.163471
2020-12-20 17:00:00 43.694494 43.694494 37.943012
2020-12-19 17:00:00 43.237251 43.237251 39.156800
2020-12-18 17:00:00 40.430622 40.430622 41.091394

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-24 17:00:00 68.194842 68.194842 39.962413
2020-12-23 17:00:00 27.351916 27.351916 40.652705
2020-12-22 17:00:00 48.571429 48.571429 40.020880
2020-12-21 17:00:00 21.532847 21.532847 40.325126
2020-12-20 17:00:00 60.674157 60.674157 41.067885
2020-12-19 17:00:00 30.098684 30.098684 40.569468
2020-12-18 17:00:00 53.747323 53.747323 40.566165

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-24 17:00:00 30.036942 30.036942 27.042790
2020-12-23 17:00:00 30.155139 30.155139 25.415081
2020-12-22 17:00:00 19.941133 19.941133 24.027482
2020-12-21 17:00:00 27.191811 27.191811 23.199830
2020-12-20 17:00:00 36.959429 36.959429 22.692799
2020-12-19 17:00:00 26.473029 26.473029 22.143121
2020-12-18 17:00:00 -1.134286 36.594586 21.589318

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-24 17:00:00 35.893648 35.893648 28.828859
2020-12-23 17:00:00 19.966087 19.966087 28.995974
2020-12-22 17:00:00 22.937942 22.937942 28.294843
2020-12-21 17:00:00 32.150143 32.150143 28.019731
2020-12-20 17:00:00 35.031001 35.031001 28.649510
2020-12-19 17:00:00 33.699098 33.699098 29.122840
2020-12-18 17:00:00 32.565056 32.565056 29.768717

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-24 17:00:00 8.999456 8.999456 8.742777
2020-12-23 17:00:00 7.025333 7.025333 8.679935
2020-12-22 17:00:00 7.461476 11.800487 8.603533
2020-12-21 17:00:00 14.768772 8.519793 8.655218
2020-12-20 17:00:00 8.921400 8.921400 8.623521
2020-12-19 17:00:00 11.062591 11.062591 8.511968
2020-12-18 17:00:00 6.745562 6.745562 8.328364

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-24 17:00:00 17.741265 17.741265 17.548501
2020-12-23 17:00:00 16.044070 16.044070 17.443551
2020-12-22 17:00:00 17.399766 17.399766 17.525084
2020-12-21 17:00:00 16.971081 22.272958 17.598422
2020-12-20 17:00:00 17.277487 17.277487 17.628054
2020-12-19 17:00:00 19.900272 19.900272 17.610473
2020-12-18 17:00:00 14.401103 14.401103 17.782929

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-24 17:00:00 15.471283 15.471283 13.129155
2020-12-23 17:00:00 10.786015 10.786015 13.137229
2020-12-22 17:00:00 10.582192 12.998128 13.120511
2020-12-21 17:00:00 21.023256 12.316076 13.274325
2020-12-20 17:00:00 12.274460 12.274460 13.458207
2020-12-19 17:00:00 13.581489 13.581489 13.584108
2020-12-18 17:00:00 14.005450 14.005450 13.885003

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-24 17:00:00 16.013344 16.013344 15.476266
2020-12-23 17:00:00 15.668663 15.668663 15.621495
2020-12-22 17:00:00 9.982487 9.982487 15.539603
2020-12-21 17:00:00 102.500000 15.668663 15.149052
2020-12-20 17:00:00 13.663845 13.663845 15.265954
2020-12-19 17:00:00 11.941112 22.165992 15.521862
2020-12-18 17:00:00 16.765053 16.765053 15.782666

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-24 17:00:00 26.717557 26.717557 17.423138
2020-12-23 17:00:00 7.586207 7.586207 17.411123
2020-12-22 17:00:00 20.000000 20.000000 17.405228
2020-12-21 17:00:00 9.183673 9.183673 17.367593
2020-12-20 17:00:00 36.065574 36.065574 17.512235
2020-12-19 17:00:00 13.068182 13.068182 17.898594
2020-12-18 17:00:00 24.000000 24.000000 17.730133

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-24 17:00:00 63.233355 63.233355 67.610592
2020-12-23 17:00:00 64.273406 64.273406 67.637797
2020-12-22 17:00:00 64.870554 64.870554 67.422894
2020-12-21 17:00:00 74.395161 74.395161 67.970913
2020-12-20 17:00:00 88.840413 88.840413 68.585893
2020-12-19 17:00:00 56.448763 56.448763 67.670167
2020-12-18 17:00:00 68.919804 68.919804 68.108641

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 17.825739 17.825739 22.492873
Basilicata 20.889488 9.838275 13.843516
Calabria 13.125336 13.125336 11.046100
Campania 8.492507 8.492507 11.183689
Emilia-Romagna 29.047210 35.923567 35.630097
Friuli Venezia Giulia 32.259317 32.259317 32.729901
Lazio 23.283262 23.283262 20.405883
Liguria 29.927007 29.927007 24.140034
Lombardia 24.291202 24.291202 20.283067
Marche 11.382337 11.382337 10.533649
Molise 10.351035 15.151515 8.424099
P.A. Bolzano 25.539568 25.539568 30.734011
P.A. Trento 68.194842 68.194842 39.962413
Piemonte 30.036942 30.036942 27.042790
Puglia 35.893648 35.893648 28.828859
Sardegna 8.999456 8.999456 8.742777
Sicilia 17.741265 17.741265 17.548501
Toscana 15.471283 15.471283 13.129155
Umbria 16.013344 16.013344 15.476266
Valle d'Aosta 26.717557 26.717557 17.423138
Veneto 63.233355 63.233355 67.610592

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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